[神木林]

李逍遙夢(mèng)見林月如后醒來，發(fā)現(xiàn)在圣姑家（三人被劍圣救起）。圣姑告知李逍遙趙靈兒懷孕并受傷了，需要李逍遙找需要鳳凰蛋殼、麒麟角做藥材醫(yī)治，但林月如已經(jīng)無法救治。李逍遙在林月如遺體前大哭。圣姑送走了劍圣，李逍遙也出發(fā)先到神木林找鳳凰蛋殼。千辛萬苦找到鳳凰并把它趕跑并得到風(fēng)靈珠，卻被阿奴偷走了鳳凰蛋。李逍遙追阿奴，不振被掉到樹下。阿奴用賣魂術(shù)救醒了李逍遙，阿奴知道李逍遙的目的后答應(yīng)鳳凰蛋孵出小鳳凰后才把鳳凰蛋殼給李逍遙，但要李逍遙協(xié)助她到樹洞偷木道人收藏的寶物。進(jìn)入樹洞中來到寶物收藏地卻沒有找到水靈珠，只好拿了其他寶物后離開。[可選劇情：欲進(jìn)入桃花源，發(fā)現(xiàn)很大霧無法通過，于是使用風(fēng)靈珠吹散大霧，在桃花源找到桃源村，遇見阿桃等人并得知村長(zhǎng)被木道人抓去了，于是啟程找木道人。途中遇見宋公子，在他指引下找到木道人并消滅了他，救出了村長(zhǎng)。村長(zhǎng)成全了宋公子和阿桃姑娘的這一對(duì)，并為了感謝主角兩，贈(zèng)送了壽葫蘆，之后村民全部變回桃樹，主角們也離開桃花源]回到圣姑家，得知阿奴是圣姑徒弟。之后兩人起程去大理城。從圣姑家出來的東北面的樹洞進(jìn)去，上山后走過木橋就來到了大理。

[大理]

到達(dá)大理此時(shí)大理正泛旱災(zāi)。[可選劇情：麒麟洞門口的一戶人家，一男子向主角兜售仙劍，并要求主角用身上全部的錢購(gòu)買。但購(gòu)買后男子馬上開溜，兩主角才發(fā)現(xiàn)上當(dāng)受騙了。]阿奴和李逍遙試圖進(jìn)入麒麟洞，可惜被兩個(gè)守衛(wèi)拒絕。于是阿奴又到大理的東北邊找到娘親（族長(zhǎng)）[可選劇情：遇見一可以村民，發(fā)現(xiàn)他為黑苗族間諜，并將他消滅]，又因?yàn)樗麄冮_會(huì)而趕了阿奴出來。但從會(huì)場(chǎng)下來發(fā)現(xiàn)一看守麒麟洞的守衛(wèi)抓到一黑苗士兵，準(zhǔn)備前去報(bào)告。阿奴靈機(jī)一動(dòng)，帶李逍遙再次來到麒麟洞，命令剩下的守衛(wèi)去找走開的守衛(wèi)，于是騙走了守衛(wèi)，進(jìn)入麒麟洞。麒麟洞中找到火麒麟，并與之戰(zhàn)斗。火麒麟最終化做人型，了解主角來的目的后送出了自己的麒麟角，并告訴兩人到女媧神殿一趟。兩人按麒麟老人意思來到女媧神殿，李逍遙在跪拜女媧象時(shí)，忽然發(fā)現(xiàn)女媧象很象趙靈兒，于是走上石象前，還被吸了進(jìn)去。李逍遙隨后見了趙靈兒娘親巫后，巫后要李逍遙回去十年前做一件他應(yīng)該做的事。

于是李逍遙回到十年前黑苗族地方，遇見了十年前的趙靈兒和她的姥姥正被黑苗人圍困。李逍遙上前殺退了敵人，使趙靈兒和姥姥順利乘鳳凰離開。李逍遙為了掩飾身份，換上黑苗人的衣服，乘黑苗人的船來到南紹此時(shí)南紹正泛洪水。李逍遙來到南紹宮殿，發(fā)現(xiàn)拜月教主準(zhǔn)備號(hào)召各黑苗士兵消滅巫后以消水患。李逍遙進(jìn)入宮殿，從殿內(nèi)右上角入口進(jìn)入底下監(jiān)獄，找到巫后，并勸服了巫后逃生。巫后拜托李逍遙幫她找她的天蛇杖。于是李逍遙上回地面，從宮殿的左上角入口進(jìn)入地下，把巫后告訴李逍遙的暗號(hào)傳達(dá)給看守入口的石長(zhǎng)老，于是石長(zhǎng)老讓你進(jìn)去取天蛇杖。李逍遙拿到天蛇杖回到監(jiān)獄并交給了巫后，兩人正要離開，拜月教主和巫王帶領(lǐng)士兵來到阻撓。拜月教主使用法術(shù)逼巫后變成蛇形，李逍遙正想阻撓敵人，被巫后拉著一同跳入水中。不料拜月教主在水底養(yǎng)了水魔獸，并且在水中會(huì)有不滅之身。兩人只好一直逃走，最后走投無路。巫后使用風(fēng)咒把李逍遙送上水面，自己和水魔獸同歸于盡。

李逍遙回到地面，卻又遇見追趕而來的拜月教主。正巧石長(zhǎng)老也來到，拜月教主命令石長(zhǎng)老對(duì)付李逍遙，但卻被李逍遙擊敗。石長(zhǎng)老不甘失敗，準(zhǔn)備使用絕招赤血毒焰，此時(shí)鳳凰飛來，抓傷了石長(zhǎng)老的左眼并帶走了李逍遙。（新仙劍奇?zhèn)b傳中才有這節(jié)）

鳳凰把李逍遙帶到了曾經(jīng)出現(xiàn)在李逍遙夢(mèng)中的羅剎洞。李逍遙通過了洞內(nèi)迷宮并找到羅剎鬼婆將她真正消滅。此時(shí)林月如忽然出現(xiàn)，并和李逍遙開戰(zhàn)，使李逍遙很困惑。幸好書中仙出來提醒李逍遙這是幻覺與現(xiàn)實(shí)的較量，必須相信自己的判斷。于是李逍遙克服了心魔，消滅了冒牌的林月如。此時(shí)鳳凰再次出現(xiàn)，把李逍遙帶到了十年前余杭的山神廟。（新仙劍奇?zhèn)b傳中才有這節(jié)）

李逍遙看見了十年前的自己并告訴他山神廟內(nèi)有一受傷女子（趙靈兒的姥姥）請(qǐng)求幫忙。李逍遙進(jìn)去廟內(nèi)，女子請(qǐng)求李逍遙拿著鳳紋手絹找靈月公主前來幫忙。李逍遙來到余杭碼頭，向一商船船主出示鳳紋手絹，商人還原為靈月公主，回去幫助山神廟內(nèi)的女子。靈月公主和趙靈兒姥姥等人正準(zhǔn)備告別李逍遙，李逍遙上前詢問如何結(jié)束一場(chǎng)夢(mèng)，得知只要完成要做的事情就能回到現(xiàn)實(shí)。靈月公主離去，此時(shí)李逍遙的嬸嬸前來尋找小李逍遙。李逍遙回到山神廟附近，遇見正在幫嬸嬸尋找小李逍遙的香蘭，隨后李逍遙從山神廟往下走來到自己過去最喜歡去的地方，并發(fā)現(xiàn)一個(gè)盒子內(nèi)裝有水靈珠，此時(shí)小李逍遙忽然出現(xiàn)，并收起了盒子。李逍遙提出用木劍交換盒子內(nèi)的水靈珠，小李逍遙同意，于是李逍遙得到了水靈珠。但還是沒有回到現(xiàn)實(shí)。來到碼頭遇見以為正急于聘請(qǐng)船工的商人，李逍遙閑著沒事做，于是上船幫忙，隨船來到蘇州。在蘇州城門口忽然發(fā)現(xiàn)十年前的林天南和林月如，此時(shí)四周朦朧，李逍遙回到了現(xiàn)實(shí)。

李逍遙回到大理的女媧神店，此時(shí)鳳凰蛋已經(jīng)孵出了鳳凰，得到了鳳凰蛋殼。李逍遙和阿奴回到圣姑家，不久李逍遙和趙靈兒的女兒李憶如出世。圣姑拜托李逍遙從屋后去試煉洞幫忙尋找36個(gè)傀儡蠱。李逍遙獨(dú)自出發(fā)，卻在路上遇見了正在訓(xùn)練毒獸的蓋羅嬌。蓋羅嬌以為李逍遙前來偷看機(jī)密，于是和李逍遙交戰(zhàn)起來。此時(shí)阿奴趕到，并向蓋羅嬌解析清楚，兩人才解除誤會(huì)。阿奴和李逍遙進(jìn)入試煉洞[可選劇情：試煉洞內(nèi)遇到一太小的洞，主角無法進(jìn)入，于是阿奴放出自己飼養(yǎng)食蠱鳥進(jìn)入洞中食蠱。食蠱鳥出洞后會(huì)產(chǎn)下很多蠱卵][可選劇情：試煉洞底下每層都有一座女媧遺跡，每座遺跡中可以找到呼喚神仙的咒文，一共有五個(gè)地點(diǎn)，可以學(xué)到五種咒文]，收集足夠傀儡蠱后回到圣姑家交給圣姑。不久趙靈兒康復(fù)，加入主角隊(duì)伍，開始起程到大理的女媧神殿。來到大理發(fā)現(xiàn)黑苗人前來偷襲，一路殺敵，主角們來到女媧神殿。

趙靈兒跪拜娘親的石象，女媧象顯靈，并把圣靈珠、圣靈披風(fēng)和天蛇杖傳授給趙靈兒。三人下一層階梯，由神殿東北面走去來到祭雨壇。趙靈兒把圣靈珠安放在壇邊的石碑上，壇的四周立即出現(xiàn)四個(gè)臺(tái)座。把水、土、風(fēng)、雷、火靈珠擺放在臺(tái)座上（不用管順序，只要在物品里使用這五顆靈珠，珠子就會(huì)自動(dòng)就位。注意擺放前一定要卸下裝備的靈珠，否則珠子不會(huì)在物品中出現(xiàn)），五靈珠顯靈，趙靈兒念起了祈雨咒文，隨即大雨降臨，大理干旱大地回復(fù)生機(jī)，黑苗人以為女媧顯靈，統(tǒng)統(tǒng)慌忙逃跑。

白苗人民馬上召開慶祝大典，不料黑苗派來的地魔獸從地面冒出，三為主角前去消滅之，決定繼續(xù)前進(jìn)徹底消滅拜月教。從地魔獸出現(xiàn)的洞口進(jìn)去，來到白苗神殿往南紹城地下迷宮。