TV版25、26集是GAINAX在經(jīng)費嚴重短缺時趕制的，也引起了眾多EVA迷的不滿，甚至有人對庵也進行人身威脅。TV的結(jié)局說明的是真嗣接受了那個虛偽的世界，接受了人類補完計劃，并且沉浸在虛幻的夢中，在偽幸福中逃避。而真正的結(jié)局是后來重做的25、26話，即《AIR》和《真心為你》。先介紹一下第三次沖擊的相關(guān)內(nèi)容
關(guān)于第三次沖擊
人類和使徒都能引發(fā)第三次沖擊。人類擁有“智慧果實”，使徒擁有“生命果實”。如果一方引發(fā)了第三次沖擊，就能獲得所缺少的部分，即能同時擁有“生命果實”與“智慧果實”成為神；而另一方則會消失。
可以確定的是使徒要引發(fā)第三次沖擊，必須和Adom結(jié)合，于是NERV把LiLith偽裝成Adam關(guān)在最終教條區(qū)。
而人類方面Seele的原計劃是亞當(dāng)回歸LiLith，LiLith+隆基奴斯搶+薰。用隆基奴斯槍化為生命之樹后融入LiLith的身體，讓薰與LiLith結(jié)合。補完時需要有一個“自我意識”來主導(dǎo)補完，Seele就想讓薰的“自我意識”主導(dǎo)補完。因為Seele騙薰最終教條關(guān)的是Adam，所以很放心地讓薰去引發(fā)第三次沖擊（因為沒有成功其實也不要緊，Seele派薰去NERV的主要目的是干掉碇源堂）。可是薰在識破了騙局后，竟平靜地選擇死亡。
要說碇源堂實在太厲害，Seele的老人們也奈何不了他。他首先在第十五使徒鳥天使來襲時，故意在二號機出戰(zhàn)被打得毫無抵抗之力時不派出初號機救援。以此為借口把隆基奴斯槍投了出去。沒有隆基奴斯槍，就無法直接使用Lilith的身體，迫使Seele改變計劃，使用初號機召回隆基奴斯槍進行補完。另外他還很陰險地瞞著Seele抽出LiLith的靈魂放入麗中。沒有靈魂的LiLith是無法進行補完的。所以在薰進入最終教條時，他一點也不擔(dān)心。因為沒有他釋放出LILITH之魂，無論是以使徒的方式還是用Seele的計劃都不會造成第三次沖擊。
碇源堂自己的計劃應(yīng)該是：讓LiLith的靈魂進入他的身體，和他右手上Adam的胚胎結(jié)合。而隆基奴斯槍的丟失迫使Seele使用初號機補完，這樣子，碇源堂和有著碇唯靈魂的初號機都會進入LiLith體里。碇源堂便能見到唯了。不但如此整個補完的過程還將由碇源堂的“自我意識”主導(dǎo)，將世界變成碇源堂希望的樣子。碇源堂的這個計劃可謂一舉兩得，既能滿足他長久以來感情上的愿望；又滿足了他的野心，讓他成為主宰人類命運的神！見劇場版中：最終教條區(qū)，互相面對著的源堂與麗。源堂：“亞當(dāng)，已與我同在?！痹刺茫骸耙臀ㄔ俣认喾?，只有靠亞當(dāng)和莉莉絲被禁止的融合了。除此之外別無他法?！丙惖淖笸竺撀?，掉了下來。源堂：“沒有時間了，A?T力場已經(jīng)無法保持你的形體了?！痹刺茫骸伴_始了，麗。將A?T力場，也就是你心中的防壁解放開來吧！”源堂：“心中欠缺的補完。舍棄無用的軀體，將所有的靈魂合而為一，成為原為的唯吧！”……
源堂：“那件事好像已經(jīng)開始的樣子。來吧！麗，帶我到唯那里吧！”……從這些對話，可看出碇源堂想讓麗“解放A?T力場”，“舍棄軀殼”（一旦失去A?T力場，便無法維持自己的物質(zhì)形態(tài)，肉體將化為LCL釋放出靈魂），把靈魂交給他，讓Adam與LiLith結(jié)合，帶他去唯（初號機）那里。
可是最終補完既沒有按Seele想的進行，也沒有按碇源堂想的進行。碇源堂背叛了Seele，綾波麗也背叛了碇源堂。綾波麗聽見了真嗣的喊叫時，突然改變了意愿，選擇了真嗣，背叛源堂。麗沒有把LiLith之魂交給碇源堂，相反吸收了碇源堂右手上Adam的胚胎，并自己去與LiLith的肉體結(jié)合了。見劇場版（這段對話的原文前面已摘錄，這里不再重復(fù)）。于是補完由綾波麗的“自我意識”主導(dǎo)著進行了，而綾波麗聽從破真嗣的意愿。所以真正的補完是按照“神之子”（此時，初號機擁有唯之魂，即“智慧果實”；又擁有了綾波麗S2機關(guān)，即“生命果實”，相當(dāng)于神。真嗣即“神之子”）的意愿進行的。見劇場版：冬月：“使徒持有的生命果實與人類持有的智慧果實，將這兩者都拿到手的EVA的初號機可說已經(jīng)等同于神的存在了。而今生命也將回歸，匯集成大河流向生命之樹。之后的初號機將會是把人類從第三次沖擊的虛無拯救出來的方舟呢？還是成為滅亡人類的惡魔呢？……未來已經(jīng)交付在碇家兒子的手中了啊……
沖擊過程解析：
整個補充計劃的過程可謂一波三折，它表現(xiàn)了碇真嗣心理變化的過程。首先碇真嗣認為大家都不在乎他，他喜歡的人出賣了他的感覺，感到大家很討厭，但也討厭自己的軟弱、無能。這種矛盾、復(fù)雜的心情很快變成了對一切的仇視，于是真嗣懷著對心中“其他人”的恨，想讓“大家都去死吧?！边@時，人類補完計劃便開始了，人類都開始一個個化為LCL。這時的真嗣錯誤地把“與他的相處不好”全部歸為是他人的過錯。于是又錯誤地認為自己恨他人，恨這世界的一切。這實際是他對自己心靈上無法解決的矛盾的逃避。
下面詳細分析這個過程：
在補完過程剛開始時，麗詢問真嗣的愿望。真嗣先是回憶著過去與他人相處所產(chǎn)生的痛苦，然后真嗣表現(xiàn)了對他人的憤恨。因為他認為他人對自己一點也不理解、漠不關(guān)心，認為大家不喜歡自己，渴望得到肯定又難以得到。這也說明了他過分在意存在于他人內(nèi)心的真嗣。
唯：“現(xiàn)在的麗可以說是由你自己產(chǎn)生的，也就是你的愿望?！丙悾骸澳阆Ｍ裁?？”水滴聲。聚光燈。緩緩搖蕩的秋千。真嗣：“沒錯……與大提琴聲開始的時候是一樣的。我來了這里……好像想起了某些事……”園童A：“真嗣也有做得不錯的時候耶！”園童B：“加油把它完成喔！城堡。”幼年的真嗣：“嗯”兩個路燈下在真嗣旁有兩個人身。秋千更加快速地搖蕩。園童A：“啊，媽媽來了！”園童B：“要回家了！拜拜！”幼年的真嗣于是停止了烏鴉的叫聲。舞臺上巨大的鼓。快要哭出來的小真嗣。聚光燈照著一座像NERV總部，已經(jīng)完成的沙堡，和看著沙堡的真嗣。真嗣：“嘿，嘿，（用力踩著沙堡）”秋千慢慢停住看著已經(jīng)毀壞的城堡哭泣出聲的真嗣。兩個照明燈照在小真嗣的背上。
這一段心理活動表現(xiàn)了真嗣認為在他人心中的自己的無能，以及好不容易得的肯定很快又消失（暗指十六話中，得到了美里的贊揚后，不久便因自己魯莽行事被十二使徒所吞噬。還有十八話中，剛得到父親的贊揚，父子關(guān)系轉(zhuǎn)好時，十三使徒出現(xiàn)，碇源堂使東治受傷，父子關(guān)系又惡化了）還表明真嗣認為他人使自己產(chǎn)生好感后，會很快背叛他的感情（暗指二十四話中薰對他的感情的背叛）。
明日香：“明明什么都不了解，不要來我這里。”真嗣：“我了解?！泵魅障悖骸澳悴挪涣私饽?！……白癡?。ㄋ吡苏嫠靡荒_）你那么想了解我嗎？”明日香：“這樣就以為可以救我？……這可真是傲慢的想法啊。你不會了解的。”真嗣：“……我是不了解。明日香什么都不說。明明什么都不說，我想要了解也不可能??！”麗：“碇君有想了解過嗎？”真嗣：“有想了解過?！泵魅障悖骸鞍讆~癡！我知道你從來不把我當(dāng)一回事。就像你以前一直在做的事給我看嘛！我會在這里好好看著的！”明日香：“反正你又不能完全變成我的東西，我……什么都不要！”
這一段表現(xiàn)了碇真嗣心中認為的他人對自己的誤會。他把這種誤會看作是他人對自己的不理解，而沒有想到是自己的原因造成了誤會（暗指明日香誤認為真嗣在戰(zhàn)斗和測試中良好的表現(xiàn)是故意對她的傷害。其實明日香非常喜歡碇真嗣，只是因為上面這個誤會以及誤會真嗣與麗的關(guān)系，所以認為真嗣“不能完全變?yōu)樗摹保鵁o法接受真嗣）。但是真嗣給予明日香唯一的一次安慰還在班長的催促下去的（第九話）。
真嗣：“所以請溫柔地對待我?。 泵览?、明日香、麗：“已經(jīng)對你很溫柔了?。 闭嫠茫骸膀_人，你們只是用笑容敷衍我而已！只是想用曖昧的樣子把我擱在一旁而已?！丙悾骸耙驗閷嵡闀汛蠹叶紓Γ@可是非常、非常難受的?！闭嫠茫骸皶崦恋臇|西……明明只會把我逼得無路可走而已……”麗：“這也是暫時敷衍而已?！闭嫠茫骸斑@樣下去太可怕了，也許我不知道什么時候又突然在不這里了，吵死了，我冷靜不下來，跟我說話吧！和我在一起吧！理一理我吧！”
這一段表現(xiàn)了真嗣認為：大家都沒有用真實的一面來對待他?？墒侨伺c人不可能完全理解的，你看到的某個人永遠只能是那個人的一部分。但真嗣不明白這一點，反而認為大家在敷衍他，并認為這就是造成他孤獨的原因（被逼得無路可走），一切都是他人不想讓他了解才造的。
真嗣：“明日香救我啊……喂，非你不可??！”明日香：“你胡說！”怒視著真嗣的明日香。真嗣被明日香逼得往后退。明日香：“你……，誰都可以吧？不是因為美里和麗她們和你的父母親都好可怕，所以才只能逃到我這里嗎？”真嗣：“救我?。 泵魅障悖骸澳阋詾檫@樣子就是讓自己不受傷害的最輕松的方法”真嗣：“救救我??！”明日香：“其實你根本不可能喜歡別人嘛”真嗣忽然挺有胸上前。咖啡爐被打翻在地上咖啡從里面流出來。咖啡蒸氣冉冉升起。明日香：“你以為這里只有你自己而已，而且你對這個自己也沒有喜歡的感覺?！泵魅障悖骸罢姹О?！”明日香俯視倒在地上的真嗣。真嗣：“救我……。喂……誰來救我……拜托救我……救我呵……救我……救救我吧”突然回到桌旁的真嗣，真嗣：“不要讓我孤單！”椅了翻倒了，真嗣：“別拋棄我！別殺我！”椅子撞向了床。真嗣：“救救我？”明日香：“不要！”真嗣：“不救我就去死吧！”真嗣沖上去，用手勒住明日香的脖子，開始掐著她。
這一段中的明日香并不代表明日香一個人，而代表了真嗣心中的“其他人”。表現(xiàn)了真嗣認為自己向他人尋求庇護時總是被拒絕，還引得一陣斥責(zé)或是嘲諷。于是他由“怕”轉(zhuǎn)為“恨”，想要殺死這些心中的“其它的人”（也就是滅絕人類）。
真嗣：“誰都不會了解的……”麗：“你什么也都不了解?！闭嫠茫骸拔艺J為這世界應(yīng)該沒有任何討厭的事，也不會有任何動蕩不安?！丙悾骸澳阏J為他人也一定和自己是一樣的吧?！闭嫠茫骸俺鲑u了?。〕鲑u了我的感情?。 丙悾骸耙婚_始就是你自己搞錯了，明明就是自以為是而已?！闭嫠茫骸按蠹叶疾灰伊恕Ｋ源蠹叶冀o我去死吧！”麗：“那么你這做法是為了什么而存在的呢？”真嗣：“不管我在不在，對誰都一樣，都沒差。所以大家給我去死吧！”麗：“那么你這心理是為了什么而存在呢？”真嗣：“不如不存在比較好。所以我也去死吧！”麗：“那么你為什么在這里？”真嗣：“即使在這里，也不可以嗎？”
這一段表明碇真嗣經(jīng)過前面一系列的心理活動后確定了自己的意愿：即“大家去死吧”，“我也去死吧”。而此時的麗也確認真嗣的愿望，于是補完正式開始，大家開始化為LCL。這時真嗣與麗的對話指明了真嗣心中所認為的他人的不理解以及對自己感情的出賣只是真嗣自己的自以為是造成的。
青葉：“莉莉絲身上發(fā)的反A?T力場更加擴大，已達物質(zhì)化程度。莉莉絲體內(nèi)游動的無數(shù)個麗，應(yīng)該就是她身內(nèi)的反A?T力場。而此時反A?T力場擴大并物質(zhì)化了。于是人們看見“麗”們飛到了他們的身邊。A?T力場與反A?T力場接觸會立刻湮滅（就像物質(zhì)與反物質(zhì)接觸一樣），所以人們一與“麗”們接觸，便會失去自己的A?T力場，無法維持具體形態(tài)而化為LCL。而看見了最想見的人，暗示人類“心之壁”的解放。
感覺好嗎？真嗣：“不知道，我很不了解現(xiàn)實?！丙悾骸澳銦o法正確把握他人和自己的真實間的差距吧?！罢嫠茫骸拔也恢滥睦镉行腋！?。麗：“除了在夢中，否則幸福是找不到的。”真嗣：“所以這不是現(xiàn)實，這是誰都不在的世界?！丙悾骸笆堑模瑝??！闭嫠茫骸八晕乙膊辉谶@里。”麗：“你是在這虛構(gòu)中很方便報復(fù)這個現(xiàn)實對吧！”真嗣：“不行嗎？”麗：“你在敷衍這個現(xiàn)實，而逃避到虛構(gòu)去，對吧！”真嗣：“我連一個人做夢都不行嗎？”麗：“這不是夢，只是對現(xiàn)實挫折的補償罷了”。
這一段對話是對前面真嗣心理活動的總結(jié)。前面的畫面都是真嗣的“夢”。它是真嗣設(shè)想的，不真實的。所以是一個“誰也不其中”的世界。真嗣逃避現(xiàn)實，于是在這個虛構(gòu)的“夢”中決定報復(fù)。這都表明了真嗣分不清現(xiàn)實與夢境，因為在現(xiàn)實中受到傷害便認為是虛偽的；在夢境中報復(fù)而得到補償便認為是真實的。接著麗便幫他區(qū)分了現(xiàn)實與夢境：
真嗣：“那么我的夢在哪里？”麗：“那就是，現(xiàn)實的延續(xù)?！闭嫠茫骸澳敲次业默F(xiàn)實又在哪里？”麗：“那就是，夢的終結(jié)。”于是真嗣回到了現(xiàn)實，眼前是LCL之海，他認清了現(xiàn)實后猛然發(fā)現(xiàn)現(xiàn)實與夢境巨大差別，他認識到自己并不想讓夢境中的結(jié)果（大家都去死吧）在現(xiàn)實中發(fā)生。麗：“……這就是，你所希望的世界對吧？”真嗣：“……可是，這不是。我想不是”。于是真嗣逐漸認清“夢”的虛假，渴望現(xiàn)實。真嗣：“在那里……我知道只有討厭的事而已，所以即使一定要逃避也可以。但是即使逃來這里也不好。因為……我，不在……也就等于大家都不在?！边@時，真嗣才重新認識了自己。他明白了自己以前在現(xiàn)實中總想著不愉快的事，從來沒有主動去尋找幸福。而且一旦受到傷害，就總是逃避，于是逃到了夢里?，F(xiàn)在的樣子雖然不會再受傷（大家都融為一體，個體消失了，再沒有所謂的“其他人”，也不會有誤解、傷害了），但在這里，作為“我”自己的個體概念沒了，作為“我”獨立的思想、性格都消失了，也就等于大家都消失了。雖然靈魂永生了，但已成了一個新的整體，原來的“我”和“大家”都死了！這是真嗣不愿看到的，于是他決心回到原來的世界，不管付出怎樣的代價：麗：“如果實現(xiàn)你現(xiàn)在這一次期待他人能夠存在的話，心之了防壁會再度把所有的人分開。到時你又要開始對別人產(chǎn)生恐懼了吧！”真嗣：“沒關(guān)系的……”薰：“即使再用A?T力場，繼續(xù)傷害你或別人也可以嗎？”，真嗣：“沒關(guān)系……”。補完于是失敗了，大家的LCL沒能匯入生命之樹，LILITH解體了。
一切即將結(jié)束，雖然真嗣選擇回到原來的世界，但有些事情已經(jīng)發(fā)生了，便無法再還原了。讓化主LCL的人們變回原來的樣子是不可能的?！皦簟爸械氖虑橐寻l(fā)生在現(xiàn)實中，無可挽回了。薰：“現(xiàn)實在你不知道的地方存在著，夢也是在現(xiàn)實之中……”
麗：“而真實就存在你的心中。”薰：“因為人的心，會把自身的形造出來?！丙悾骸岸碌母拍钅馨讶说男暮托味几淖?。這要概念能將創(chuàng)造的力量、自己的未來、甚至?xí)r間的流向……給制造出來”。這是在告訴真嗣要面對現(xiàn)實，舊的世界已被毀滅，唯一能做的只有創(chuàng)造新的世界（新的概念）?？赏瑫r也告訴真嗣要靠自己的力量，重建人類社會：薰：“只是如果人們不靠自己自身的意志行動的話什么都不會改變?！丙悾骸八赃z失的自己，要靠自己的力量找回來，即使自己的言語沒了……，即使要要采用別人的言語……”麗：“只要能用自己的心將自身的概念作出來，誰都可以回復(fù)人形?！丙惖脑挼囊馑急闶侵灰闹杏凶陨碜鳛椤皞€體”的思想，誰都可以回復(fù)到人形。這句話暗指可能不只真嗣一個人能回復(fù)人形，即后來明日香也活了下來就是這個原因。
在真嗣脫離LCL之海之前，唯與碇真嗣的對話，可以看作唯對真嗣的最后囑托：唯：“不要擔(dān)心，所有的生命都有復(fù)原的力量，都有想要活下去的心。只要想著要活下去的話，到哪里都是天堂。因為還活著嘛！到哪里都會有幸福的機會的?！蔽ā爸灰枴⒃铝梁偷厍蚨歼€在……，就沒關(guān)系”。這段話既是對真嗣的安慰，告訴他就算世界已變成這樣只要要有想活下去的心，就一定能復(fù)原；又是對真嗣的激勵，告訴真嗣他所肩負的重大責(zé)任：“重建人類社會”。同時這段話可以讓我們了解唯的內(nèi)心世界。碇唯她一直堅信著一個觀點：“只要活下去……”是的，活下去，一切都有可能，不管生活在如何惡劣的環(huán)境中，都有尋找幸福的機會，都是天堂！
說完了這些唯認為該囑咐的都告訴真嗣了，于是，真嗣回復(fù)了人形，脫離了LCL之海：唯：“已經(jīng)可以了嗎？”真嗣：“……我還是不知道哪里有幸福。只不過對于為何被生下來而存在于此的意義今后會繼續(xù)多加思索；而且對一些被視為理所當(dāng)然的東西也會多加去感覺。這是自己為了靠自己活下來而做的……”唯輕撫真嗣的面頰。真嗣和唯互相離去……真嗣從LCL之海浮至水上。
