基熏自殺阻止了第四次沖擊。

李林之王源堂將朗槍和烏槍中的一把調(diào)包，讓基熏以為拔出兩把槍便可實現(xiàn)中二男的夢想。哪知道拔出槍后，自律型的Mark.06（其實就是自動型），已經(jīng)被NERV使徒化，成為12號使徒。同時13號機已經(jīng)不受基熏和中二男的控制，眼睜睜看著13號機吞噬使徒的Core，第四次沖擊前序開始。

為了阻止第四次沖擊，基熏不得不自殺。其中Mark.09為了保護第四次沖擊，與Wunder大戰(zhàn)，然后被二號機改自爆毀掉。至此SEELE的幾枚棋子全部完蛋。倆老頭看愛人計劃終于就要沒有障礙了。

劇情簡介：

戰(zhàn)艦上塵封在初號機里14年的真嗣終于蘇醒過來，與美里、律子、明日香還有東治的妹妹再會。從眾人口中真嗣得知自己已沉睡14年，但他發(fā)現(xiàn)明日香卻一點也沒有變化，明日香告訴他，EVA的駕駛者受到EVA的詛咒，是永不會變化的。

另外真嗣又得知，初號機中獲救的僅得他一人，而他奮力從使徒手中救出的綾波麗并沒有在初號機的駕駛艙里，不能接受這一事實的真嗣，更得知他再也不需要駕駛EVA，并被迫戴上炸彈項圈，只要他想離開戰(zhàn)艦或登上EVA，美里就會引爆炸彈。聽到這一切后，真嗣繼續(xù)抑郁。