故事背景∶在人類誕生之前曾經(jīng)兩度存在著擁有高度發(fā)達(dá)科技的史前文明。最早的文明被稱為第一始祖民族，他們制造了EVA，卻被它毀滅。接下來的第二始祖民族制造了隆基努斯之槍將EVA封印。為防止EVA復(fù)活，在世界各地埋下了被稱為使徒的對(duì)EVA專用武器。使徒們一直沉睡著……

世界觀∶西元2015年，為拯救已達(dá)進(jìn)化瓶頸的人類，人類補(bǔ)完計(jì)劃發(fā)動(dòng)了。為了阻止這項(xiàng)計(jì)劃，不明巨大戰(zhàn)斗兵器群使徒陸續(xù)來襲。冠上了天使之名的他們，真的是神的使者嗎？需要強(qiáng)大力量來抵抗使徒的人類，著手開發(fā)了泛用人型決戰(zhàn)兵器Evangelion。到西元2029年，已經(jīng)有三機(jī)實(shí)用化了。但是EVA的操縱者卻必須由“14歲的少男少女們”來擔(dān)任。于是背負(fù)著人類存亡的少年們的戰(zhàn)斗，現(xiàn)在開始了。

劇情（注意，與TV版劇情差異很大）∶在企劃階段，基本的沖突非常簡單：由聯(lián)合國高層組成的人類補(bǔ)完委員會(huì)支持碇源堂執(zhí)行“人類補(bǔ)完計(jì)劃”，將人類從原罪中解放出來并實(shí)現(xiàn)永恒的生命，而為了破壞這個(gè)計(jì)劃，作為始祖民族遺留下來的生物兵器“使徒”向人類發(fā)動(dòng)了攻擊。最終出現(xiàn)了人類無法戰(zhàn)勝的從月球飛來的第12使徒，為了阻止第12使徒，聯(lián)合國上層決定放棄人類補(bǔ)完計(jì)劃，并破壞擁有關(guān)鍵的古代遺跡“Aruka”的研究所。而碇源度偏偏固執(zhí)地以卵擊石，聯(lián)合國軍終于發(fā)動(dòng)了對(duì)Nerv的進(jìn)攻，將其完全毀滅。結(jié)局是無法看到生命之樹出現(xiàn)的人類，放棄了人類補(bǔ)完計(jì)劃。