故事講述使徒要毀滅掉人類，而一般武器對使徒毫無作用，并研發(fā)出EVA來對抗使徒。

故事世界觀——

南極大陸上發(fā)生大爆炸。造成南極的冰川融化、地軸扭曲，隨之而來的海平面上升、全球氣候異常，加上后來引發(fā)的戰(zhàn)爭等因素，導(dǎo)致世界人口減半。隨著接連不斷的大規(guī)模戰(zhàn)爭結(jié)束，各國軍隊編入聯(lián)合國軍隊。此次侵襲人類的大災(zāi)難被稱為第二次沖擊，聯(lián)合國發(fā)表的大災(zāi)難原因是“大質(zhì)量的隕石撞擊南極”。

實際上卻是為了在其他使徒覺醒之前將第一使徒亞當(dāng)還原成卵的結(jié)果，而秘密組織SEELE憑借其巨大影響力隱瞞了事實真相。SEELE通過死海文書獲悉了相關(guān)信息，事先采取了一系列措施。使徒擁有強大的A.T.力場（絕對領(lǐng)域）；

一般的武器無法消滅它，為阻止預(yù)測中即將來襲的使徒毀滅人類，SEELE在聯(lián)合國的名義下設(shè)立Gehirn開發(fā)泛用人型決戰(zhàn)兵器-人造人Evangelion（簡稱：EVA），并且建立起要塞都市·第3新東京市，也是Gehirn總部所在地。Gehirn之后改組為NERV，全力推行人類補完計劃。故事發(fā)生在2015年，此時第3新東京市接二連三地遭逢使徒的來襲。

擴展資料：

故事劇情——

第二次沖擊十五年后的2015年，不明巨型生命體“使徒”在日本登陸，并向第3新東京市襲來。聯(lián)合國軍與使徒的作戰(zhàn)失敗，作戰(zhàn)指揮權(quán)移至NERV。本作主人公碇真嗣被父親?NERV總司令碇源堂召喚而來，NERV作戰(zhàn)部長葛城美里帶其到地下都市NERV總部，最后真嗣半推半就地駕駛著巨大人型兵器EVA初號機與使徒對抗。

在沒有受過任何訓(xùn)練的情況下，真嗣在戰(zhàn)斗中很快不堪重負(fù)，導(dǎo)致初號機暴走，并以殘酷野蠻的方式重創(chuàng)使徒，隨后使徒自爆。之后真嗣在第3新東京市展開新生活，并在美里的提議下搬到美里家居住。

使徒不斷地出現(xiàn)，在迎擊使徒的過程中，真嗣結(jié)識了學(xué)校同學(xué)鈴原冬二、相田劍介；并與同是駕駛員的綾波麗、明日香聯(lián)手消滅使徒。EVA3號機在啟動試驗中被使徒入侵，真嗣顧慮3號機內(nèi)的駕駛員而不敢攻擊，但在碇源堂的命令下真嗣的操縱被強制切斷，搭載替代操縱系統(tǒng)的初號機將3號機殘忍撕裂并重傷駕駛員鈴原冬二。

此次事件使真嗣決定不再駕駛EVA并打算離開第3新東京市。但是新出現(xiàn)的使徒打倒了明日香和綾波麗繼而攻進NERV總部，之后真嗣再次乘上初號機，最終覺醒的初號機將使徒吞食。另一方面碇源堂與SEELE對人類補完計劃的分歧顯現(xiàn)、關(guān)系急劇惡化。

使徒開始嘗試與人類接觸并發(fā)動心理攻擊。明日香因使徒的精神攻擊而崩潰，綾波麗為消滅使徒選擇了自爆。之后失神的明日香被送入病院，綾波是克隆人的事被真嗣得知，同學(xué)也已離開，孤獨的真嗣遇到了渚薰。

渚薰以第五適格者的身份被SEELE送到NERV接替明日香，出現(xiàn)后不久便成功打破真嗣的心之壁。但渚薰卻是最后的使徒，真嗣必須殺死他。雖然渚薰的行動會滅亡人類而且他自己也期望死亡，但真嗣仍陷入深深地自責(zé)。