隱藏關卡是元氣騎士中特殊關卡，他并不會像主線關卡一樣，可以直接通關。隱藏關卡要想進入，先要滿足條件或者機關后，才能從隱藏的入口進入到關卡中。隱藏關卡中遇到的怪物會更難，但對應的獎勵也會更加豐富。而且隱藏關卡的場景也會和主線關卡有很大不同。元氣騎士中一共有的三大隱藏關卡，分別是沼澤關、墓穴關和溶洞關。每個影藏關卡在主線關卡中的位置不同，要進入所有隱藏關卡，最好主線關卡中通關。

首先來到森林關后，在關卡的房間中會看到一個奉獻池，奉獻池需要獻祭所擁有的武器，武器的品質(zhì)越好，所能得到的獻祭值也就會更多。比如白色武器有一點，綠色武器有兩點。最高的紅色武器有五點貢獻值，在獻祭值滿了后，關卡最終boss會變成哥布林祭祀。在成功擊敗哥布林祭祀后，就會開啟一個紫色傳送門。正常形態(tài)傳送門都是藍色的，進入紫色傳送門就會進入到隱藏的沼澤關卡中。

還有洞穴關卡，洞穴關卡需要再主線密室關卡中消滅boss，然后在旁邊出現(xiàn)藍色傳送門后不要急著傳送，先在房間中尋找就能看到墻壁上出現(xiàn)一條小路，進入后就要開始解密。謎題比較簡單，需要再限定時間內(nèi)找到正確答案，然后就會進入到墓穴關卡中。在墓穴的寶箱房間中，選擇一拳這時爆發(fā)傷害最高的紅色武器，然后順著墓穴房間前進，消滅敵人就能獲得很多鐵錠，赤金等材料，這些都可以用來打造甲級。

最后就是溶洞隱藏關卡了，在雪山的主線中打完boss后，會出現(xiàn)一個籠子。將籠子中的人就出來，然后進行交談。之后會讓出來一條路，走完這段路后就會來到溶洞關卡中。